中国疾病预防控制中心（以下简称中国疾控中心）隶属中华人民共和国国家卫生健康委员会（原卫生部），于2001年在中国预防医学科学院的基础上更名组建，是由政府设立的实施国家级疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。中国疾控中心下设11个直属独立法人单位，其中在京单位10个，京外单位1个。2002年初，中国疾控中心提出新建集中研究基地方案，通过集中建设增强我国疾病预防控制的综合能力，尤其是提高疾病预防的基础研究和突发事件应急反应能力。

2002年1月，根据原国家计委资金安排和北京市可利用土地资源具体情况，经原卫生部党组批准，并经原国家计委和国务院批准，同意选址在昌平区昌百路155号（原中国预防医学科学院所属流行病学与微生物学研究所院内），并先行开展中国疾控中心一期工程建设。

2002年7月，清华大学建筑设计研究院编制完成中国疾控中心一期工程项目建议书。受原国家计委委托，中国国际工程咨询公司（现中国国际工程咨询有限公司，以下简称中咨公司）对本工程的项目建议书进行评估，并于8月出具了正式评估报告。2003年1月，经国务院批准，原国家计委印发通知，中国疾控中心一期工程项目正式立项。

2003年4月，中元国际工程设计研究院编制完成了中国疾控中心一期工程可行性研究报告。2003年4月30日，原国家计委委托中咨公司对项目可行性研究报告进行评估。2003年12月8日，原国家计委根据中咨公司评估报告批复了中国疾控中心一期工程的可研报告。

中国疾病预防控制中心一期工程主大门