三峡工程是一个多目标、多效益的系统工程，涉及因素复杂。在发挥其巨大综合效益的同时，水库蓄水运行也对库区、中下游地区经济社会发展和生态环境产生一定影响，且由于库区移民安稳致富、生态环境保护、地质灾害防治与该地区自然条件、经济发展方式，以及历史原因形成的矛盾和问题，相互交织、相互影响，具有复杂性、长期性和累积性。党中央、国务院对此高度重视。时任总书记胡锦涛同志指示：“三峡移民工作要努力使库区群众基本生活有保障、劳动就业有着落、脱贫致富有盼头，同心同德建设和谐稳定的新库区。”时任国务院总理温家宝指示，要解决好库区移民安稳致富、生态环境保护、地质灾害防治三个重大问题。2008年7月，时任国务院副总理的李克强、回良玉同志在听取原三峡办汇报时指示，三峡工程举世瞩目，是关系千秋万代的大事，要高度重视，长远考虑，工程建成后要接上后续工作，以保证三峡工程长期安全运行、持续发挥综合效益。为认真落实中央领导的指示，深入贯彻落实科学发展观，妥善解决移民安稳致富、生态环境建设与保护、地质灾害防治等问题，需有序开展三峡后续工作。

2008年10月，原三峡办组织长江水利委员会（简称长江委）等有关单位，根据《国务院办公厅关于加强三峡工程建设期三峡水库管理的通知》要求，在2008年3月编制完成的《三峡水库可持续利用综合规划研究报告》基础上，选择湖北省和重庆市部分区县，开展了三峡后续工作规划编制试点工作。随后，经征询库区各级政府及移民群众意见，多次听取院士、专家意见，征求国家发展改革委、财政部等有关部委和相关省市的意见，编制完成了《三峡后续工作规划大纲》。

2009年3月，国务院批准了原三峡办上报的《关于开展三峡工程后续工作规划的请示》。2009年4月，原三峡办会同国家发展改革委、财政部等有关部委和相关省市成立了三峡后续工作规划编制领导小组，并下设规划领导小组办公室。规划领导小组办公室委托长江委为三峡后续工作规划编制总成单位；委托国土资源部三峡库区地质灾害防治工作指挥部、中国环境科学研究院等单位参加规划编制工作；还委托国务院发展研究中心、发展改革委宏观经济研究院等20个研究单位开展相关专题研究。

受规划领导办公室小组委托，中国国际工程咨询公司（现中国国际工程咨询有限公司，简称中咨公司）在规划编制阶段就提前介入，从2009年8月中旬开始组织专家组赴武汉、重庆和三峡库区及长江中下游进行现场踏勘调研，并对各专题规划报告和分项规划报告编制单位的编制工作进行初步咨询。2009年8月25日至10月8日组织专家在武汉对39个专题初步报告进行了咨询，提出了完善和修改意见；2009年10月8日至10月23日组织专家在京召开评估会，对移民安稳致富和促进库区社会经济发展、移民搬迁安置遗留问题处理、库区生态建设与环境保护、库区地质灾害防治、三峡工程运行对长江中下游重点影响区影响处理、三峡工程管理能力建设、三峡工程综合效益拓展研究等7个分项规划报告分别进行了评估，先后参与咨询评估工作的专家180人约500人次。2009年10月29日至11月3日中咨公司组织近50位不同专业的高层次专家在京召开了《规划》（咨询评估稿）评估会。2010年1月，时任国务院副秘书长尤权、张勇同志主持召开了有国家发展改革委、财政部、国土资源部、水利部、原三峡办负责同志参加的后续规划编制工作汇报和协调会。根据这一系列会议精神和协商意见，以及中咨公司的咨询评估报告，规划编制单位对规划文本进行了多次调整和反复修改完善，形成了《规划》。中咨公司再次组织专家对《规划》及其分项规划报告进行了认真研讨，认为《规划》充分采纳吸收了咨询评估建议和国家相关部委的修改完善意见，方案更加合理，可操作性更强。

2010年8月，国务院听取了三峡工程建设有关问题汇报，根据《听取三峡工程建设有关问题汇报的会议纪要》，以及会议前后各相关部委的修改意见，全国人大、全国政协考察三峡工程建设与库区经济社会发展提出的有关建议和意见等，规划编制单位对《规划》进行了修改完善。党中央十七届五中全会召开后，根据会议精神，规划编制单位对《规划》再次修改完善，提出了报国务院审议的《规划》（送审稿）。

2010年11月，国务院三峡工程建设委员会第十七次全体会议审议并原则同意《规划》（送审稿），要求进一步修改完善后报国务院审批。2011年6月，经国务院常务会议审议后《规划》正式批复实施，2012年开始下达财政专项资金。